京都大学和东京大学都是日本顶尖的综合性大学之一。两所大学各自有其强项和优势，因此不可能直接回答哪个更好。下面将分别从以下几个方面进行比较：
1. 学科排名
根据2021年QS世界大学排名，东京大学在全球名列第22位，而京都大学在第33位。但是，在子排名中，两所大学的某些学科排名并没有明显差别。例如，在物理学、地球与海洋科学、数学领域，东京大学排名靠前。而京都大学在人文学科、社会科学、生命科学等领域的排名更高。
2. 学术成果
东京大学在自然科学和工程领域的研究产出较高，其中包括10位诺贝尔奖得主，以及11个科学领域的国内奖项获得者。其次，该校在明治维新时期就具有较高的国际视野，是日本近代化进程的重要推手之一。京都大学则在人文、社会科学以及生命科学领域的创新和发展方面有突出贡献，其学者对日本文化研究和历史研究有很深入的探索。
3. 学术环境
东京大学的教学楼和实验室比较现代化，课程设施和各类学术资源丰富，同时也有着充分的国际化交流平台。京都大学的教学环境相对较为古朴，但是老校区建筑风格典雅，充满古典日本文化气息，这里的文化底蕴也是国内外学者关注的焦点之一。同时，京都大学占地面积较东京大学要大，校园环境也相对更加宁静。
4. 学生生活
东京大学位于日本首都，交通、娱乐和食宿都相对方便，但由于校内和周边环境比较拥挤和繁忙，学生生活压力相对较大。与之相比，京都大学位于日本传统文化之都，校园周围景点众多，学生可以更好地平衡学习和生活，同时也能更好地感受和学习日本文化。
总体来说，东京大学和京都大学各有所长，在学科设施、科研水平、学术环境和学生生活等方面呈现出不同的特点。学生们应该根据自己的兴趣、专业取向和发展目标进行选择。同时，两所大学在日本的声誉和国际知名度都极高，对于学生的职业发展和学术研究都有较大的帮助。